養源院は文禄3年（1594）淀殿が父・浅井長政追善のため創建。のち焼失。元和7年（1621）徳川秀忠夫人・崇源院（お江）が伏見城の遺構を移し再建。以降、歴代将軍の位牌を祀る寺になる。また、本堂の広い廊下の天井には伏見城落城時に徳川の家臣・鳥居元忠らが自刃した廊下の板が使われ「血天井」として有名。
本堂内の襖12面の松図と白象・唐獅子・麒麟を描いた杉戸絵8面（重文）は俵屋宗達の作品。白象図は中学校・高校の美術教科書に使用。
平成28年2月に客殿（本堂）・護摩堂・鐘楼（堂）・中門等が重要文化財に指定されました。