京都市内の発掘調査により発見された、旧石器時代から平安時代を経て江戸時代に至るまでの各時代の埋蔵文化財を常設展示し、京都市の歴史を紹介している。また、発掘調査や研究成果に基づいた特別展示を年2回、市内の大学などと協働して行う合同企画展を年1回開催している。さらに、随時、速報展・企画陳列も行っている。

建物は旧西陣織物館で、京都市の有形文化財に登録されている。