約120種類の苔が境内を覆い、緑のじゅうたんを敷き詰めたような美しさから「苔寺」とよばれている。奈良時代の僧行基が天平3年（731）に開創したと伝えられ、室町時代初期の暦応2年（1339）に夢窓国師が中興開山した臨済宗の寺院。寺宝として夢窓国師像軸（重文）が所蔵されている。世界文化遺産に登録。
庭園（国特別名勝）は上下二段構えで、上段は枯山水、下段は黄金池を中心とした池泉回遊式庭園の二つからなっている。池には、朝日島・夕日島・霞島と3つの島があり、池の周囲は苔で埋め尽くされているが、作庭当時苔はなく、現在のように苔に覆われ始めたのは江戸時代末期といわれている。